NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 3.-5. desember 2019. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.
Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.
Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 8. november 2019. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 1. november for ikke å komme på venteliste.
Påmeldingen må inneholde
navn, adresse og kontaktinformasjon
om du har behov for overnatting
eventuelle allergier eller diettkrav
kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
ForBio og det svenske Artprojektet inviterer søkere til kurs om DNA-strekkoding. Kurset holdes på NTNUs feltstasjon Sletvik, ca. to timers kjøring fra Trondheim.
Tid og sted: 7-11. oktober, 2019
Målgrupper: PhD studenter, masterstudenter, postdocs, forskere, rådgivere og naturforvaltere med relevant bakgrunn i biologi.
Registreringsfrist: 1. september, 2019
Se ForBios nettside for ytterligere informasjon om kurset og registrering.
Deling av biodiversitetsdata er stadig viktigere for både forskning og forvaltning. Informasjon om arters forekomster, DNA-sekvenser og økologi kan utnyttes i mye større grad om den er lett tilgjengelig, men å sette sammen og dele slik informasjon fra ulike kilder er ikke alltid like lett. Dette var derfor tema for ForBio (Forskerskolen i biosystematikk) sitt kurs Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, som ble avholdt i Naratey, på vestbredden av Baikalsjøen 14-20. september 2018.
Studenter og undervisere på kurset ved Baikalsjøen. Foto: Dimitry Schigel CC-BY-SA 4.0.
Seksten entusiastiske og kunnskapsrike studenter har i løpet av en uke deltatt på foredrag og praktiske øvelser i 20 ulike moduler. Strekkode-biten av kurset inkluderte teori og praksis for både produsenter og brukere av DNA-strekkodedata. Det var fokus på bruk av BOLD, og studentene fikk prøve seg på ulike oppgaver med datasøk, opplasting av metadata og sekvenser, samt bruke ulike analyseverktøy. Dette var nytt stoff for de fleste, men de fant raskt løsninger og samarbeidet på imponerende vis.
Entusiastiske deltakere som jobber med BOLD Systems. Foto T. Ekrem CC-BY 4.0.
Videre ble det gitt en innføring i molekylærsystematikk og programvaren MEGA, og studentene brukte dette til å dykke ned i litt mer avanserte metoder for analyse av genetiske data. Hvordan kan man rekonstruere organismers slektskap? Hva er forskjellen mellom ulike måter å konstruere slektskapstrær på? Hvorfor trenger vi substitusjonsmodeller?
Kurset avsluttet med studentenes presentasjoner av «The Baikal Biodiversity Challenge». I denne oppgaven, som har løpt som en rød tråd gjennom hele kurset, skulle studentene designe et prosjekt for å kartlegge mangfoldet til en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette måtte de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen. Imponerende innsats og gode presentasjoner.
Takk til alle arrangørene, og BOLDs support team i Canada som var til stor hjelp. Takk går naturligvis også til alle studenter og lærere for en flott og lærerik uke!
Happy barcoders med #mydnabarcode skjerf. Foto: Laura Russell CC-BY-SA 4.0.
NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 17.-19. oktober 2018. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.
Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.
Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 1. oktober 2018. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 10. september for ikke å komme på venteliste.
Påmeldingen må inneholde
navn, adresse og kontaktinformasjon
om du har behov for overnatting
eventuelle allergier eller diettkrav
kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
Fredag 23. september var det igjen tid for Researchers’ Night – ungdommens forskernatt i Realfagbygget på NTNU. I år som tidligere var det svært stor interesse fra skoler som ville delta og over 1100 elever fra videregående skole trålet gjennom stands, forelesninger og laboratoriebesøk i løpet av de fire timene arrangementet varte. NorBOL stilte med stand om DNA strekkoding og LifeScanner.
Xiaolong og Aina ønsker velkommen til NorBOLs stand på Researchers’ Night 2016. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.
Hos oss fikk elever og lærere få prøve seg på praktisk DNA-strekkoding: DNA-sekvenser fra ukjente byttedyr i en gulpebolle ble sammenlignet visuelt med kjente sekvenser i et lite referansebibliotek. Oppgaven var ikke nødvendigvis veldig lett og skapte stort engasjement. Som premie for utført oppgave fikk elevene klistremerker med #mydnabarcode.
Torbjørn forklarer hvordan DNA-strekkoding virker. Foto Xiaolong Lin CC-BY.
Stor aktivitet på NorBOLs stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.
Mange takk til Aina, Erik og Xiaolong som gjorde en glimrende innsats i forberedelse og gjennomføring av vår stand!
NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo har i vinter samarbeidet med en biologiklasse ved Hersleb videregående skole om å kartlegge insektmangfoldet i Botanisk hage.
Malaisefellen i Botanisk hage, Oslo. Foto Gunnhild Marthinsen (CC-BY).
I august satte elevene opp en Malaisefelle i hagen og tømte den senere, før turen gikk til laboratoriet der insektene ble sortert til det elevene trodde var ulike arter basert på utseende. Ett hundre og femti dyr ble prøvetatt og sendt til Canada for sekvensering.
Elevene skal nå sammenligne sekvensresultatene med sine egne bestemmelser.
Ivrige elever sorterer insekter fra Malaisefellen. Foto Gunnhild Marthinsen (c).
Gjennom prosjektet lærer elevene om artsmangfold og DNA-analyser. De får demonstrert hvor vanskelig det er å bestemme arter utfra utseende, særlig når man ikke er ekspert, og at DNA-strekkoding fungerer godt både til å identifisere arter og til å gi en oversikt over artsmangfoldet.
Prosjektet avslørte et høyt artsmangfold av tovinger og årevinger i Botanisk hage; ca 80 arter ble funnet blant de 150 prøvene som ble sendt inn. Blant artene som ble fanget var det også et par sjeldenheter som bare er kjent fra et fåtall lokaliteter i Norge; én av artene kan til og med vise seg å være ny for landet.
NorBOL er nå etablert som nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding. Som en del av prosjektet har det våren 2014 blitt ansatt fire såkalte barcode managers ved universitetsmuseene i Bergen, Oslo, Tromsø og Trondheim. Disse vil være regionale kontaktpunkt, koordineringsansvarlige og støttespillere i den praktiske uviklingen av strekkodebiblioteket over norske arter. Vi i NorBOL er veldig fornøyde med at disse svært gode kandidatene takket ja til stillingene, ønsker alle hjertelig velkomne, og ser frem til nært samarbeid i tiden fremover. Dette er NorBOLs barcode managers:
Aina Mærk Aspaas
Aina har bakgrunn innenfor ferskvannsøkologi, og har erfaring med molekylære teknikker innenfor økologi og systematikk fra studiene. I sin masteravhandling har hun jobbet med bentiske invertebrater i subalpine bekker, med hovedfokus på døgnfluer, steinfluer og vårfluer. Hun har tidligere jobbet med flere forskjellige prosjekter tilknyttet BOLD, i hovedsak på fjærmygg og blomsterfluer, men også maur, mikrosommerfugler og sviknott. I tillegg har hun samarbeidet med Ringve Botaniske hage i forbindelse med innsamling og prøvetaking av plantemateriale fra hagen. Hun har også hatt opplæring av nye brukere i BOLD i forbindelse med NorBOL workshopene i Trondheim i 2013 og 2014. Aina vil være regionalt kontaktpunkt for Midt-Norge og koordinere strekkodingen av ferskvannsinvertebrater og moser i Norge.
Marie Kristine Føreid
Marie er utdannet innen økologi med bachelorgrad fra Universitetet i Bergen og mastergrad fra Universitetet i Tromsø. Masteroppgaven ble gjort i samarbeid mellom UiT og Universitetssenteret på Svalbard (UNIS) med tittelen «Regional phylogeography of a clonal salt marsh species, Puccinellia phryganodes (Poaceae), in Svalbard». Gjennom mastergraden har Marie erfaring med teknikken AFLP samt feltarbeid på Svalbard. Etter endt studie har Marie blant annet fått erfaring med feltarbeid i Nord-Norge, arbeid på Clean lab med ancient DNA og flere ulike DNA ekstraheringsmetoder. Marie vil være kontaktpunkt for Nord-Norge og i samarbeid med Inger Alsos koordinere den nasjonale strekkodingen av karplanter og sekksporesopp.
Katrine Kongshavn
Katrine har arbeidet ved evertebratavdelingen ved Universitetsmuseet i Bergen siden 2009, da hun avsluttet sin mastergrad i biodiversitet, evolusjon og økologi. Hun har siden den gang vært involvert i ulike prosjekter ved museet; først generelt musealt arbeid i forbindelse med flytting av den vitenskapelige delen av samlingene til nye lokaler, mens hun i senere år primært har arbeidet med MAREANO-prosjektet. Hun har vært og er fremdeles involvert i prosjekter på afrikansk bunnfauna, materiale i fra Skagerrak (BIOSKAG) og børstemarkdiversitet i norske farvann (PolyNor). Den marine biodiversiteten er et tema hun fascineres av, og hun gleder seg til å se resultatene av innsatsen som legges inn i NorBOL. Barcodingen av marine evertebrater og taksonomisk beslektede grupper (f. eks. terrestre Annelida og Crustacea) vil bli koordinert i fra Universitetsmuseet i Bergen. Samlingene har en blogg som oppdateres jevnlig, her vil det også komme NorBOL-nyheter: http://evertebrat.b.uib.no/
Gunnhild Martinsen
Gunnhild Marthinsen har en PhD i populasjonsgenetikk på fugl fra Universitetet i Oslo fra 2007. Etter endt doktorgrad har hun jobbet som DNA-labtekniker og DNA strekkode-koordinator ved Naturhistorisk museum i Oslo. Hun har bred bakgrunn i molekylærgenetiske metoder og har jobbet mye med sekvensering av COI hos diverse dyregrupper. Hennes forskningsmessige interesser har ligget innenfor underartsproblematikk og artsdannelse, og det er mest de genetiske metodene og metodeutvikling hun har engasjert seg i. Som NorBOL manager ved Naturhistorisk museum har hun ansvar for koordineringen av DNA strekkoding av terrestriske insekter, stilksporesopper, lav og mindre ikke-marine invertebrater. Videre er hun kontaktpunkt for strekkoding på Østlandsområdet og Agder-fylkene.
NorBOL institusjonene NTNU Vitenskapsmuseet og Universitetsmuseet i Bergen har i løpet av de siste seks månedene vært med-arrangører av tre vellykkede workshoper på DNA-strekkoding. Møtene ble holdt i Grahamstown, Bergen og ved La Selva biologiske stasjon i samarbeid med partnere fra Sør-Afrika, Vest-Afrika, Spania og Costa Rica, og var en del av prosjektet ”Capacity building in modern taxonomy as an instrument for knowledge transfer in IPBES”. Initiativet er delfinansiert gjennom Miljødirektoratets satsning på kunnskapsoverføring knyttet mot FNs Naturpanel for biodiversitet og økosystemtjenester. På all møtene ble bakgrunn, omfang og anvendbarheten av DNA-strekkoding presentert og diskutert, men det ble også lagt stor vekt på det praktiske arbeidet med organisering, registrering, billedtaking og innsending av prøver. Øvelser med analyse av offentlig tilgjengelige strekkodedata i Barcode of Life Data Systems (BOLD) ble også gjennomført, og bruk av DNA-strekkoding i ulike områder av naturforvaltningen ble presentert.
Workshopen i Grahamstown fant sted i lokalene til South African Institute of Aquatic Biodiversity (SAIAB) med rundt 20 entusiastiske deltakere fra hele landet i tillegg til organisatorene fra Sør-Afrika og Norge. Taksonomisk hovedfokus var på organismer i ferskvann.
Workshopen i Bergen samlet deltakere fra Ghana, Nigeria, Elfenbenskysten, Mauritania, Spania, Portugal, Tyskland, Russland og Norge på Espegrend marinbiologiske stasjon. Innsamlede marine invertebrater fra et stort område langs Afrikas vestkyst ble sortert, identifisert of strekkodet. Les mer om workshopen på prosjektets blogg her:
Workshopen i Costa Rica ble holdt på La Selva biologiske stasjon et par timers kjøring nord for hovedstaden San José. 18 deltakere fra Costa Rica, Equador, Mexico, Norge, Panama, Puerto Rico, USA deltok; alle jobbet med ferskvannsinsekter. Bildet viser John H. Epler i gang med identifisering av fjærmygg fra Costa Rica.
Ved å benytte NTNUs nettsider samtykker du i at vi kan etterlate informasjonskapsler i din nettleser.
By using NTNU's websites, you agree that we may leave cookies in your browser.
English 
Norwegian Bokmål 
