Lav

Biodiversity Genomics Europe (BGE) tilbyr DNA-strekkoding og skimming av europeiske arter

Et av målene i BGE er å fylle i referansebiblioteket for europeiske arter. Det er et spesielt fokus på pollinatorer, ferskvannsarter, marine arter og arter viktige for miljøovervåkning, men materiale fra alle flercellede organismer er aktuelt. Det er utarbeidet en liste over dyr som mangler strekkoder i BOLD her. Velg gruppen du ønsker informasjon om og vent til tabellen lastes (det kan ta litt tid). Innsending av prøver og metadata er veldig likt det vi har gjort i NorBOL de siste årene og alle kostnader til sekvensering blir dekket av prosjektet. NTNU Vitenskapsmuseet og NHM i Oslo er partnere i prosjektet og kan hjelpe til med fasilitering. Ta gjerne kontakt med Torbjørn Ekrem om du ønsker mer informasjon om hva dette går ut på og hvordan du kan bidra.

Uoverensstemmelse mellom morfologi og DNA-strekkoder i lav, sopp og insekter

Naturhistorisk museum i Oslo har ansvar for koordinering av strekkoding av norske lav, stilksporesopp og terrestriske insekter. Fra disse gruppene plukket vi ut tre eksempler på uoverensstemmelse mellom morfologi og strekkoder, som er oppdaget her ved museet, eller av våre samarbeidspartnere.

Calvitimela

I lavslekten Calvitimela ble flere kryptiske arter oppdaget gjennom strekkoding, her vises C. melaleuca; hvorav den ene kryptiske arten viste seg å være søsterart til C. armeniaca. Det er ikke kjent hvilken art som er C. melaleuca s.str.

Lepiota

I soppslekten Lepiota (Agaricales) har de fleste morfologiske arter vist seg å bestå av to kryptiske arter. Her eksemplifisert med L. boudieri og L. subalba. Med denne kunnskapen vil sannsynligvis nærmere studier avsløre morfologiske kjennetegn som skiller dem.

Pteromalus

I den parasittiske vepseslekten Pteromalus (Hymenoptera) fant vi som i de andre gruppene kryptiske arter, men også det motsatte mønsteret på uoverensstemmelse: flere morfologisk beskrevne arter innenfor én strekkode-basert gruppe: P. egregius opptrer flere steder inne i P. albipennis-kladen. ITS2 ble også sekvensert, og viste det samme mønsteret. Det var stor genetisk variasjon innen P. albipennis, men variasjonen korresponderte ikke med morfologisk variasjon.

Vi kan konkludere med at DNA-strekkoding fungerer generelt godt som artsidentifisering for lav, sopp og insekter, men at det også i noen tilfiller peker på taksonomiske problemer og interessante evolusjonære mønstre.

Gunnhild Marthinsen, Mika Bendiksby, Tor Erik Brandrud, Bálint Dima, Lars Ove Hansen, Arild Johnsen, Jon Peder H. Lindemann, Einar Timdal

Disse resultatene ble presentert på 7th International Barcode of Life Conference, Sør-Afrika, 2017. 

Hva skal Artsprosjektet inneholde?

Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

Torbjørn Ekrem

Koordinator NorBOL

Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Gunnhild Marthinsen

Vel blåst! Symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding

Symposiet Biodiversity and DNA Barcoding ble holdt på Scandic Nidelven hotell 11-12 november 2015. Med nærmere 100 deltakere fra Norge, Sverige, Canada, Finland, Tyskland, Tsjekkia og Storbrittania ble møtet større enn forventet og en flott møteplass for naturforvaltere, strekkodere, artsprosjektdeltakere og andre interessert i biologisk mangfold og DNA-strekkoding.

Som programmet på symposiesidene kan bekrefte, var det stor variasjon i både tema og organismegrupper. Vi ble ledet gjennom taksonomiske utfordringer i soppriket, hos marine invertebrater og hos insekter, mange først oppdaget ved hjelp av DNA strekkoder. Vi ble tatt med på en reise ned i havet og inn i mosen, og introdusert for de mulighetene molekylære metoder gir oss til å studere næringsnett, pollinering og mikroskopiske organismer. Vi fikk høre om The Planetary Biodiversity Mission, nyvinningene som kommer i BOLD4 og om LifeScanner, et citizen-science initiativ der identifisering med DNA-strekkoding blir tilgjengelig for alle.

speakers symposiumForedragsholdere ved symposiet. Fra venstre: Anders Hobæk, Christiane Todt, Marie Davey, Hans Tore Rapp, Frode Ødegaard, Inger Greve Alsos, Natasha de Vere, Endre Willassen, Kristian Hassel, Sujeevan Ratnasingham, Elisabeth Stur, Christer Erséus, Paul Hebert, Tomas Roslin. Tor Erik Brandrud og Gunn Paulsen var ikke tilgjengelige når bildet ble tatt. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet, CC-BY.

Både arrangører og deltakere synes godt fornøyd med konferansen. Det meste gikk som smurt, maten var god og selv om det ble musikk fra naborommet til de avsluttende presentasjonene på dag to, var det tilfredse deltakere som forlot Scandic Nidelven etter endt møte. Mange takk til alle deltakere for at dere kom! Flere bilder fra konferansen ligger på Flickr.

participants-biodiv&DNAbarcoding-foto-hojemDeltakere på symposiet Biodiversity and DNA barcoding 2015. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet CC-BY.

Torbjørn Ekrem, NTNU Vitenskapsmuseet

Nye lav til samlinger og strekkoding

32 lavforskere fra 12 europeiske land møttes i Steinkjer i uken 3-7 august 2015 for en feltekskursjon og et symposium. NorBOL var til stede og benyttet anledning til å ta nesten 150 prøver av lav for DNA strekkoding, mange av dem av arter som deltagere hadde spesiell kompetanse på. Møtet var arrangert av Nordisk lichenologisk forening og var delvis finansiert av Artsdatabanken og NorBOL.

Einar Timdal, Naturhistorisk Museum, UiO.

Lav ved Mokk kobbergruveDeltakere studerer lav ved Mokk kobbergruve. Foto Mika Bendiksby (CC-BY).

Juha Pykala & Mika BendiksbyJukka Pykälä og Mika Bendiksby tar prøver til DNA-strekkoding. Foto Einar Timdal (CC-BY).