Aktuelt

Uncovering the hidden diversity of Antarctic springtails

Antarctica is a land of superlatives with biota exposed to the steepest chemical gradients, driest soils, and extreme temperature fluctuations. These conditions, coupled with a history of 80 million years’ worth of glacial cycles have shaped an ecosystem characterised by low biodiversity. Robert F. Scott may be forgiven for stating “we have seen no living thing, not even a moss or a lichen” whilst in the Dry Valleys during 1903.

Benson-glacier-photoBenson glacier. Photo: Gemma Collins CC-BY.

In an area of the Ross Sea region spanning more than six degrees of latitude there are only 10 species of springtail, separated into three distinct biogeographic zones each with three (and in one case four) unique species. Springtails are an important feature of terrestrial Antarctic systems as they are not only the largest year-round inhabitants at a mere1.5mm (with penguins and seals spending much of their time offshore), they are also highly sensitive to environmental disturbances, making them ideal bioindicators of climate change.

Rafting springtailsFloating springtails. Photo: Gemma Collins CC-BY.

Our most recent work this past season focussed on the “middle” biogeographic zone which revealed a total of six BINs from the original three species present. These three new BINs were between 5-12% divergent from their nearest neighbours. The discovery of these new BINs is a further example of the growing realisation that whilst comparatively depauperate in the global sense, Antarctica is much more diverse than it was once thought to be. This is particularly true in the case of genetic diversity, with the rise in molecular techniques revealing high levels of cryptic biodiversity within Antarctic arthropods. The application of molecular clock dating techniques further suggested that these BINs separated 3-5 million years ago. It was during this time that the Western Antarctic Ice Sheet (WAIS) was thought to have completely collapsed. This phenomenon would have resulted in sea levels rising and increased dispersal opportunities for Collembola via meltwater streams and open sea-ways before the WAIS eventually reformed. The various BINs appear to have remained in relative isolation ever since. The presence of these unique genetic differences means that any future changes in species’ distributions can be easily tracked through the DNA barcoding of individuals. From this, we can further enhance our capacity to detect subtle biological responses resulting from gradual climate changes.

clare-beet-collecting-sprinClare Beet collecting springtails. Photo: Ian Hogg CC-BY.

In August, I gave a presentation at the 6th international Barcode of Life conference on my master’s thesis work assessing the distribution and genetic diversity of Antarctic springtails (Collembola). For this presentation I was generously awarded the NorBOL Prize for Excellence in Polar Research. I really enjoyed sharing my work with the wider barcoding community and look forward to hopefully getting involved in polar research in the future.

Clare Beet, University of Waikato

Sopptur på Svalbard

Den andre uka i august dro en gruppe utenlandske og norske mykologer på feltekskursjon til Svalbard, og NorBOL fikk bli med å strekkode det de fant! Med base i Longyearbyen dro gruppen på dagsturer til Bolterdalen, Endalen, Blomsterdalen, Bjørndalen og Reveneset.

Siri_Rui_SvalbardSiri Rui (UiO) samler inn Russula nana til strekkoding i Bjørndalen. Foto Aina Mærk Aspaas (CC-BY)

Ettermiddagene ble tilbrakt på UNISs fasiliteter der materialet ble bearbeidet og vevsprøver ble tatt til sekvensering. Sopp på Svalbard har ikke blitt strekkodet tidligere og turen ga derfor et viktig tilskudd av strekkoder fra arter som vokser i arktiske områder. Ivrige mykologer som var veldig positive til å dele sine funn med NorBOL gjorde at det ble en vellykket tur, og det ble tatt prøver av rundt 70 arter. Mange takk til Håvard Kauserud (UiO) og Pernille Bronken Eidesen (UNIS) for et veldig godt opplegg, og til alle andre deltakere for hyggelig samvær.

Aina_Aspaas_SvalbardAina Mærk Aspaas tar vevsprøver av sopp ved UNIS. Foto Siri Rui (CC-BY)

6th International Barcode of Life Conference

Den sjette internasjonale konferansen på DNA-strekkoding ble nylig avsluttet med ord til ettertanke fra Thomas Lovejoy, Dan Janzen og Paul Hebert: Verdens artsmangfold forsvinner raskere enn noensinne og vi har et akutt behov for å tilegne oss mer kunnskap om klodens arter og deres biologi før de forsvinner for godt.

Konferansen i Guelph, Canada var imponerende på alle måter og den faglige bredden og dybden understreket møtets tema «Barcodes to biomes» til fulle. Med hele 30 inviterte foredragsholdere i eliteklassen og 600 deltagere fra 60 land ble møtet en overveldende faglig suksess. Abstracts fra alle foredrag og postere er publisert i tidsskriftet Genome.

Rozanski HallAlle foredrag ble holdt i Rozanski Hall ved Universitetet i Guelph. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).

I tillegg til en faglig meget sterk profil hadde arrangørene lagt vekt på sosiale sammenkomster og flere spesielle finurligheter. Hør bare: Gruppebildet ble tatt som film med drone, et eget øl ble brygget (og DNA-strekkodet) og alle inviterte foredrag ble streamet live på YouTube. I tillegg ble det holdt en bioblitz i et nærliggende naturreservat dagen før konferansen. De innsamlede organismene ble DNA-strekkodet og en artikkel med de 120 deltakerne som forfattere produsert i løpet av konferanseuken. Paperet er allerede under fagfellevurdering i tidsskriftet Biodiversity Data Journal. Ikke annet enn imponerende. – Og om du ikke tror det, se Twittermeldinger merket #dnabarcodes2015.

På møtet ble det også besluttet å opprette en internasjonal forening for DNA-strekkoding (ISBOL) og et interrimstyre er nedsatt for å utarbeide rettningslinjer og oppgaver. Foreningen vil i stor grad ta over de oppgavene som CBOL har hatt tidligere, og med et demokratisk valgt styre blant annet avgjøre standarder for DNA-strekkoding og legge til rette for konferanser.

Det blir ikke enkelt for kommende arrangører å overgå årets konferanse i faglig styrke og strømlinjeformet organisering. Kanskje var det derfor Michelle van der Bank fra Universitetet i Johannesburg foreslo Krüger National Park som møteplass for den neste konferansen i 2017. Med en setting i en av verdens mest berømte nasjonalparker vil nok mange bli fristet til å delta!

UoG GryphonUniversitetet i Guelphs griff tar farvel med #mydnabarcode. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).

Nye lav til samlinger og strekkoding

32 lavforskere fra 12 europeiske land møttes i Steinkjer i uken 3-7 august 2015 for en feltekskursjon og et symposium. NorBOL var til stede og benyttet anledning til å ta nesten 150 prøver av lav for DNA strekkoding, mange av dem av arter som deltagere hadde spesiell kompetanse på. Møtet var arrangert av Nordisk lichenologisk forening og var delvis finansiert av Artsdatabanken og NorBOL.

Einar Timdal, Naturhistorisk Museum, UiO.

Lav ved Mokk kobbergruveDeltakere studerer lav ved Mokk kobbergruve. Foto Mika Bendiksby (CC-BY).

Juha Pykala & Mika BendiksbyJukka Pykälä og Mika Bendiksby tar prøver til DNA-strekkoding. Foto Einar Timdal (CC-BY).

Miljøstrekkoding i ferskvann

Er DNA strekkoding av vann og sparkeprøver bedre enn tradisjonelle metoder i miljøovervåkning av ferskvann? Dette er et av spørsmålene forskere ved NTNU Vitenskapsmuseet, BIO, NINA, NIVA og ZFMK ønsker å besvare i det nystartede prosjektet «Environmental barcoding av aquatic invertebrates (EBAI)».

Nylig ble det gjennomført feltarbeid i Rondane der både vann og bunndyr ble hentet ut av elven Døråla. Bunndyr ble lagt på sprit, mens vann ble filtrert gjennom ulike filtertyper.

Kick samples VollenTerje Bongard (NINA) og Karstein Hårsaker (NTNU Vitenskapsmuseet) tar sparkeprøver ved Vollen. Foto: Torbjørn Ekrem (CC-BY).

Postdoktor Markus Majaneva og prosjektleder Torbjørn Ekrem ved NTNU Vitenskapsmuseet rapporterer om svært vellykket feltarbeid der ikke engang kuling og regn kunne sette en stopper for filtrering av vannprøvene i det mobile laboratoriet (bagasjerommet på en bil). Resultatene fra det første eksperimentet er ventet sent i 2015 eller begynnelsen av 2016.

FiltreringsoppsettFiltrering av vann. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).

Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet.

 

 

DNA-strekkoding av insekter fra Svenska Malaisefälleprojektet

Gunnhild Marthinsen (Naturhistorisk museum Oslo) og Aina Mærk Aspaas (NTNU Vitenskapsmuseet) dro i regi av NorBOL til Station Linné på Öland i juni/juli 2015 for å ta prøver av insekter fra det svenske malaisefelleprosjektet. Turen var en del av samarbeidet med det svenske initiativet på DNA-strekkoding (SweBOL) og hadde som mål å strekkode nordiske insektarter som ennå ikke er prøvetatt fra Norge.

Aina-Aspaas-Oland-labAina Mærk Aspaas plukker insektbein på Station Linné. Foto: Gunnhild Marthinsen.

I løpet av en knapp uke ble nærmere 600 insekter prøvetatt og fotografert. Prøvene vil bli sendt til DNA analyse hos Biodiversity Institute of Ontario i august og resultater forventes litt senere på høsten.

Gunnhild-Marthinsen-Oland-lGunnhild Marthinsen fotograferer veps på Station Linné. Foto: Aina Mærk Aspaas.

Stor takk til Pelle Magnusson og Dave Karlsson for hjelp med å legge forholdene til rette!

Symposium på artsmangfold og DNA-strekkoding

Symposium banner

Artsdatabanken og det norske nettverket for DNA-strekkoding (NorBOL) har gleden av å invitere til symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding i Trondheim 11-12. november 2015. Konferansen har som mål å formidle ny kunnskap om arter i Norge og vise hvordan DNA-strekkoding bidrar til forståelsen av arters mangfold, biologi og økologi. Vi håper at symposiet vil bli en attraktiv møteplass for forskere, studenter og forvaltere av biologisk mangfold og kan friste med foredrag fra flere anerkjente forskere, blant annet Paul Hebert, Sujeevan Ratnasingham, Natasha de Vere og Tomas Roslin. Mer informasjon om konferansen, bekreftede foredragsholdere og lenke til påmelding finnes her: Biodiversity and DNA barcoding. Velkommen!

Arrangementskomiteen
Ingrid Salvesen
Ingrid Ertshus Mathisen
Aina Mærk Aspaas
Torbjørn Ekrem

Workshop i DNA-strekkoding ved Universitetsmuseet i Bergen, mars 2015

På vegne av NorBol og Universitetsmuseet i Bergen, ønsker vi velkommen til workshop  i DNA-strekkoding for biomangfoldsstudier. Invitasjonen retter seg særlig mot nye bidragsytere til NorBOLs arbeid gjennom BOLDSYSTEMS, og målet med workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom dette systemet.

Tid og sted

Aktivitetene vil foregå i ved Naturhistorisk avdeling i Realfagbygget i tiden 9.-11. mars 2015. Deltakerne må regne med lengre arbeidsdager enn normal arbeidstid.

Innhold

Deltakerne skal, i løpet av workshopen, arbeide seg gjennom alle trinn i klargjøringen av en full DNA-prøveplate (95 prøver). Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt organismeprøve, (vevs-)prøvetaking, og  innsending av prøveplater og data til BOLD-systemet.

Det forventes at deltakerne medbringer materiale av den flercellede organismegruppen de skal arbeide med (fortrinnsvis ca. 5 individer per antatt art fra norsk område). Deltakere med nye prosjekttildelinger fra Artsdatabanken, og som ennå ikke har egnet materiale, kan likevel delta ved å samarbeide med andre deltakere som har materiale.

I dette kurset vil vi også gi korte innføringsforedrag om teoretiske aspekter ved DNA-strekkoding og om relevante bioinformatiske analysemetoder, spesielt de som tilbys gjennom BOLD.  Vi vil kort redegjøre for betingelser som gjelder for NorBOL-finansierte sekvenseringsprosjekter. Vi vil også vise eksempler på ulike behov for systematisk og taksonomisk oppfølging som strekkodedata kan synliggjøre når strekkoder er produsert.

Instruktører

Katrine Kongshavn, Endre Willassen, Lena Ohnheiser m.fl.

Finansiering

Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting på Steens Hotel og opphold for en person per pågående prosjekt. Antall deltakere vil være begrenset til 10.

Påmelding

gjøres per e-post til Katrine Kongshavn (Katrine.Kongshavn_at_um.uib.no) innen 09. februar. Innen 14. februar vil vi gi beskjed om hvorvidt du har fått plass på årets workshop.

Påmeldingen må inneholde:

  1. Navn, adresse og kontaktinformasjon
  2. Om du har behov for overnatting
  3. Kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du arbeider med og om eventuell finansiering fra Artsdatabanken eller andre kilder for videre arbeid. Hvilke og hvor mange prøver du tenker å prosessere under workshopen, og hvilken type fotoutstyr du trenger for å dokumentere dine «vouchers». Skriv også et par ord om eventuell tidligere erfaring med sekvensering / strekkoding.
  4. Hvilke tema du ønsker du eventuelt å lære mer om (flere valg mulig):
  • Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
  • Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
  • Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
  • Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
  • Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.

DNA-strekkoding av sopp fra høstsopptreff

Den fantastiske sopphøsten i 2014 ga en pangstart på strekkodingen av norske stilksporesopp til BOLD-biblioteket.

Strekkodere fra Naturhistorisk museum i Oslo fikk lov til å være med på Norges sopp- og nyttevekstforbunds høstsopptreff, hvor 120 deltakere delte sine funn og sin kunnskap til våre analyser. Hele 405 arter ble samlet inn på vei til og under treffet i Sørmarka. Dette er vi svært godt fornøyd med!

Sopp fra hostsopptreff. Foto: Gunnhild Marthinsen

Tekst og foto: Gunnhild Marthinsen

DNA-strekkoding av fiskeegg

God forvaltning av ferskvannsfisk krever kunnskap om gyteområder og gytetidspunkt. Laboratorium for ferskvannsøkologi og innlandsfiske ved Naturhistorisk museum (NHM) i Oslo har i vår samlet fiskeegg ulike steder i nedre del av Nitelva og Leiravassdraget. Eggene ble strekkodet ved NHM og ved hjelp av referansebiblioteket på ferskvannsfisk kunne eggene bestemmes til asp, vederbuk og mort. Asp og vederbuk ble påvist i Nitelva og en av sideelvene til Leira. Egg av mort ble også påvist senere på våren. Denne informasjonen vil være til god hjelp i forvaltningen av disse fiskeartene.

Asp. Foto: Henning PavelsAsp. Foto: Henning Pavels. Tekst: Gunnhild Marthinsen