Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.
Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):
DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)
Deltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.
NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.
Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.
Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.
Påmeldingen må inneholde
navn, adresse og kontaktinformasjon
om du har behov for overnatting
eventuelle allergier eller diettkrav
kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4
Naturhistorisk museum i Oslo og NorBOL deltok på Forskningstorget i Oslo 23-24. september 2016 hvor vi formidlet problematikk rundt biologiske, morfologiske og «genetiske» arter. Femten hundre shotsglass med juice ble delt ut, og folk fikk prøve å smake seg til hvilke tre frukter juicen bestod av. Til hjelp hadde de «strekkodene» til de tre fruktene, og et bibliotek over frukt-strekkoder. Dermed lærte mange at DNA strekkoding kan brukes til bestemmelse av ingredienser i matvarer.
Gunnhild Marthinsen serverer ukjent juice på Forskningstorget. Foto Dag Inge Danielsen CC-BY.
PhD-student Sonja Kistenich viser hvordan DNA-strekkoding fungerer. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.
Fredag 23. september var det igjen tid for Researchers’ Night – ungdommens forskernatt i Realfagbygget på NTNU. I år som tidligere var det svært stor interesse fra skoler som ville delta og over 1100 elever fra videregående skole trålet gjennom stands, forelesninger og laboratoriebesøk i løpet av de fire timene arrangementet varte. NorBOL stilte med stand om DNA strekkoding og LifeScanner.
Xiaolong og Aina ønsker velkommen til NorBOLs stand på Researchers’ Night 2016. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.
Hos oss fikk elever og lærere få prøve seg på praktisk DNA-strekkoding: DNA-sekvenser fra ukjente byttedyr i en gulpebolle ble sammenlignet visuelt med kjente sekvenser i et lite referansebibliotek. Oppgaven var ikke nødvendigvis veldig lett og skapte stort engasjement. Som premie for utført oppgave fikk elevene klistremerker med #mydnabarcode.
Torbjørn forklarer hvordan DNA-strekkoding virker. Foto Xiaolong Lin CC-BY.
Stor aktivitet på NorBOLs stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.
Mange takk til Aina, Erik og Xiaolong som gjorde en glimrende innsats i forberedelse og gjennomføring av vår stand!
Hvert år holder Tromsø soppforening soppkontroller på Tromsø Museum i soppsesongen. De arrangerer også turer for publikum og marker soppens dag. NorBOL har vært med på soppkontrollene som har blitt holdt så langt i år, og etter 3 av 5 kontroller har vi fått inn mange sopparter til DNA strekkoding.
En av soppene som ble prøvetatt: Hygrocybe cf. pratensis. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.
Soppens dag ble holdt søndag 4. september ved Tromsø museum med soppkontroll, utstilling av fersk plukket sopp samt en sopptur i nærområdet. NorBOL var til stedet under hele arrangementet og vi fikk inn ca. 20 nye arter til DNA strekkoding. De fleste kom fra utstillingen som Tromsø soppforening hadde laget og noen ble donert fra publikum.
Sopputstilling på soppens dag. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.
Under innsamlingen av materialet til Tromsø soppforenings utstilling ble det funnet en ny art for Nord Norge og denne blir nå DNA-stekkodet. Publikum ville gjerne vite mer om NorBOL, alt fra prosjektets mål og prøvetaking til hvordan prøvetatte individer blir oppbevart i Tromsø Museums samlinger. Så langt i sesongen har vi fått inn ca. 120 sopparter og det med stor hjelp fra Tromsø soppforening.
NorBOL kommer også til å delta på de to siste soppkontrollene (11. og 18. september) og vi håper på å få inn flere arter til strekkoding samt formidle informasjon om NorBOL til publikum. Mange takk til Tromsø soppforening for godt samarbeid!
Se for deg dette: Du våkner før solen har stått opp, finner guiden og drar ut på dagens «morning drive» for å se elefanter, løver og nesehorn i soloppgangen. Du kommer tilbake, får servert en bedre frokost og kommer akkurat tidsnok til første plenumsforedrag om miljøstrekkoding av nordamerikanske våtmarker. Drømmen kan bli virkelighet før du aner det: Den syvende Barcode of Life konferansen skal holdes i Kruger nasjonalpark, Sør-Afrika, 20-24 november 2017.
Elephants in South Africa. Foto Torbjørn Ekrem CC-NC-SA.
De internasjonale konferansene på DNA-strekkoding har blitt arrangert hvert andre år siden 2005 (i London) og siden da bare økt i størrelse og omfang. Deltakerne kommer fra alle verdenshjørner og presenterer sin forskning, undervisning og formidling. Alle aspekter rundt DNA-strekkoding og metabarcoding er med, og presentasjonene kan omfatte alt fra metodeutvikling og taksonomi til citizen science, anvendt økologi og naturforvaltning. Forrige møte i Guelph (2015) hadde 600 deltakere fra 60 land og markerte det foreløpige høydepunktet i konferanserekken. Det spørs om ikke neste års event blir enda en ny høydare.
Det arbeides fremdeles med konferansens faglige program, men flere inviterte foredragsholdere har allerede akseptert og hovedtema for møtet er «Exploring mega-diverse biotas with DNA barcodes». Påmeldingen åpnes 1. desermber 2016 og ender 1. november 2017. Med plass til rundt 700 personer i den største foredragssalen blir det kanskje ikke fullbooket første uka, men muligens er det lurt å være tidlig ute med påmeldingen likevel?
Gratulerer til NorBOL med 10 000 arter! Vi er nå halvveis til målet om å DNA strekkode 20 000 arter fra Norge. Begivenheten ble feiret på NorBOLs styringsmøte i mars og markert med artikkel i Gemini og forskning.no. Gratulerer til alle involverte!
NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo har i vinter samarbeidet med en biologiklasse ved Hersleb videregående skole om å kartlegge insektmangfoldet i Botanisk hage.
Malaisefellen i Botanisk hage, Oslo. Foto Gunnhild Marthinsen (CC-BY).
I august satte elevene opp en Malaisefelle i hagen og tømte den senere, før turen gikk til laboratoriet der insektene ble sortert til det elevene trodde var ulike arter basert på utseende. Ett hundre og femti dyr ble prøvetatt og sendt til Canada for sekvensering.
Elevene skal nå sammenligne sekvensresultatene med sine egne bestemmelser.
Ivrige elever sorterer insekter fra Malaisefellen. Foto Gunnhild Marthinsen (c).
Gjennom prosjektet lærer elevene om artsmangfold og DNA-analyser. De får demonstrert hvor vanskelig det er å bestemme arter utfra utseende, særlig når man ikke er ekspert, og at DNA-strekkoding fungerer godt både til å identifisere arter og til å gi en oversikt over artsmangfoldet.
Prosjektet avslørte et høyt artsmangfold av tovinger og årevinger i Botanisk hage; ca 80 arter ble funnet blant de 150 prøvene som ble sendt inn. Blant artene som ble fanget var det også et par sjeldenheter som bare er kjent fra et fåtall lokaliteter i Norge; én av artene kan til og med vise seg å være ny for landet.
Hvorfor legger noen gjøk blå egg? Det enkle svaret er kanskje fordi verten også gjør det. Men, hvordan ble det slik? En nylig publisert artikkel i Nature Communications gir deg bedre svar, og resultatene har en interessant kobling til DNA strekkoder.
Forfatterne bak artikkelen, med Frode Fossøy ved Institutt for Biologi (NTNU) i spissen, analyserte både mitokondrielt og nukleært DNA hos gjøk (Cuculus canorus) og dens nære slektninger fra et stort geografisk område. Resultatene viste tydelig at eggfarge hos gjøk nedarves fra mor. Videre viste Fossøy m.fl. (2016) at den blå eggfargen hos gjøk som parasitterer rødstjert (Phoenicurus phoenicurus) oppstod i en egen stamform for underartene C. c. canorus og C. c. bakeri for rundt 2,6 millioner år siden. Denne evolusjonære grenen i gjøkens mitokondrielle slektskapstre er genetisk adskilt og til og med parafyletisk i forhold til andre gjøkpopulasjoner og nært beslektede arter.
Deler fra figur i Fossøy m.fl. (2016) som viser haplotype slektskap mellom gjøk som legger egg med forskjellig farge. DNA strekkoder (b) og deler av det hunn-spesifikke w-kromosomet (c).
Hva er så koblingen til DNA strekkoder? Vel, den store genetiske forskjellen mellom gjøkpopulasjonene ble opprinnelig oppdaget med DNA strekkoder (COI) og utløste videre analyse med andre genetiske markører for å avsløre den evolusjonære historien til blå gjøkegg. I dette tilfellet skyldtes ikke de store genetiske ulikhetene mellom gjøkpopulasjoner kryptiske arter, men DNA strekkodedata bidro til å finne og plassere en interessant brikke i gjøkens evolusjonære puslespill.
Symposiet Biodiversity and DNA Barcodingble holdt på Scandic Nidelven hotell 11-12 november 2015. Med nærmere 100 deltakere fra Norge, Sverige, Canada, Finland, Tyskland, Tsjekkia og Storbrittania ble møtet større enn forventet og en flott møteplass for naturforvaltere, strekkodere, artsprosjektdeltakere og andre interessert i biologisk mangfold og DNA-strekkoding.
Som programmet på symposiesidene kan bekrefte, var det stor variasjon i både tema og organismegrupper. Vi ble ledet gjennom taksonomiske utfordringer i soppriket, hos marine invertebrater og hos insekter, mange først oppdaget ved hjelp av DNA strekkoder. Vi ble tatt med på en reise ned i havet og inn i mosen, og introdusert for de mulighetene molekylære metoder gir oss til å studere næringsnett, pollinering og mikroskopiske organismer. Vi fikk høre om The Planetary Biodiversity Mission, nyvinningene som kommer i BOLD4 og om LifeScanner, et citizen-science initiativ der identifisering med DNA-strekkoding blir tilgjengelig for alle.
Foredragsholdere ved symposiet. Fra venstre: Anders Hobæk, Christiane Todt, Marie Davey, Hans Tore Rapp, Frode Ødegaard, Inger Greve Alsos, Natasha de Vere, Endre Willassen, Kristian Hassel, Sujeevan Ratnasingham, Elisabeth Stur, Christer Erséus, Paul Hebert, Tomas Roslin. Tor Erik Brandrud og Gunn Paulsen var ikke tilgjengelige når bildet ble tatt. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet, CC-BY.
Både arrangører og deltakere synes godt fornøyd med konferansen. Det meste gikk som smurt, maten var god og selv om det ble musikk fra naborommet til de avsluttende presentasjonene på dag to, var det tilfredse deltakere som forlot Scandic Nidelven etter endt møte. Mange takk til alle deltakere for at dere kom! Flere bilder fra konferansen ligger på Flickr.
Deltakere på symposiet Biodiversity and DNA barcoding 2015. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet CC-BY.
Torbjørn Ekrem, NTNU Vitenskapsmuseet
Ved å benytte NTNUs nettsider samtykker du i at vi kan etterlate informasjonskapsler i din nettleser.
By using NTNU's websites, you agree that we may leave cookies in your browser.
English 
Norwegian Bokmål 
Deltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.
