På vegne av NorBol og Universitetsmuseet i Bergen, ønsker vi velkommen til workshop  i DNA-strekkoding for biomangfoldsstudier. Invitasjonen retter seg særlig mot nye bidragsytere til NorBOLs arbeid gjennom BOLDSYSTEMS, og målet med workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom dette systemet.

Tid og sted

Aktivitetene vil foregå i ved Naturhistorisk avdeling i Realfagbygget i tiden 9.-11. mars 2015. Deltakerne må regne med lengre arbeidsdager enn normal arbeidstid.

Innhold

Deltakerne skal, i løpet av workshopen, arbeide seg gjennom alle trinn i klargjøringen av en full DNA-prøveplate (95 prøver). Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt organismeprøve, (vevs-)prøvetaking, og  innsending av prøveplater og data til BOLD-systemet.

Det forventes at deltakerne medbringer materiale av den flercellede organismegruppen de skal arbeide med (fortrinnsvis ca. 5 individer per antatt art fra norsk område). Deltakere med nye prosjekttildelinger fra Artsdatabanken, og som ennå ikke har egnet materiale, kan likevel delta ved å samarbeide med andre deltakere som har materiale.

I dette kurset vil vi også gi korte innføringsforedrag om teoretiske aspekter ved DNA-strekkoding og om relevante bioinformatiske analysemetoder, spesielt de som tilbys gjennom BOLD.  Vi vil kort redegjøre for betingelser som gjelder for NorBOL-finansierte sekvenseringsprosjekter. Vi vil også vise eksempler på ulike behov for systematisk og taksonomisk oppfølging som strekkodedata kan synliggjøre når strekkoder er produsert.

Instruktører

Katrine Kongshavn, Endre Willassen, Lena Ohnheiser m.fl.

Finansiering

Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting på Steens Hotel og opphold for en person per pågående prosjekt. Antall deltakere vil være begrenset til 10.

Påmelding

gjøres per e-post til Katrine Kongshavn (Katrine.Kongshavn_at_um.uib.no) innen 09. februar. Innen 14. februar vil vi gi beskjed om hvorvidt du har fått plass på årets workshop.

Påmeldingen må inneholde:

1. Navn, adresse og kontaktinformasjon
2. Om du har behov for overnatting
3. Kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du arbeider med og om eventuell finansiering fra Artsdatabanken eller andre kilder for videre arbeid. Hvilke og hvor mange prøver du tenker å prosessere under workshopen, og hvilken type fotoutstyr du trenger for å dokumentere dine «vouchers». Skriv også et par ord om eventuell tidligere erfaring med sekvensering / strekkoding.
4. Hvilke tema du ønsker du eventuelt å lære mer om (flere valg mulig):

• Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
• Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
• Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
• Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
• Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.