Baikalsjøen. Foto: T. Ekrem CC-BY 4.0.

Deling av biodiversitetsdata er stadig viktigere for både forskning og forvaltning. Informasjon om arters forekomster, DNA-sekvenser og økologi kan utnyttes i mye større grad om den er lett tilgjengelig, men å sette sammen og dele slik informasjon fra ulike kilder er ikke alltid like lett. Dette var derfor tema for ForBio (Forskerskolen i biosystematikk) sitt kurs Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, som ble avholdt i Naratey, på vestbredden av Baikalsjøen 14-20. september 2018.

Sammen med  Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio, og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) bidro NorBOL i undervisningen av norske og russiske studenter i datamobilisering. Kurset ble finansiert av Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), GBIF og ForBio.

Studenter og undervisere på kurset ved Baikalsjøen. Foto: Dimitry Schigel CC-BY-SA 4.0.

Seksten entusiastiske og kunnskapsrike studenter har i løpet av en uke deltatt på foredrag og praktiske øvelser i 20 ulike moduler. Strekkode-biten av kurset inkluderte teori og praksis for både produsenter og brukere av DNA-strekkodedata. Det var fokus på bruk av BOLD, og studentene fikk prøve seg på ulike oppgaver med datasøk, opplasting av metadata og sekvenser, samt bruke ulike analyseverktøy. Dette var nytt stoff for de fleste, men de fant raskt løsninger og samarbeidet på imponerende vis.

Entusiastiske deltakere som jobber med BOLD Systems. Foto T. Ekrem CC-BY 4.0.

Videre ble det gitt en innføring i molekylærsystematikk og programvaren MEGA, og studentene brukte dette til å dykke ned i litt mer avanserte metoder for analyse av genetiske data. Hvordan kan man rekonstruere organismers slektskap? Hva er forskjellen mellom ulike måter å konstruere slektskapstrær på? Hvorfor trenger vi substitusjonsmodeller?

Kurset avsluttet med studentenes presentasjoner av «The Baikal Biodiversity Challenge». I denne oppgaven, som har løpt som en rød tråd gjennom hele kurset, skulle studentene designe et prosjekt for å kartlegge mangfoldet til en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette måtte de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen. Imponerende innsats og gode presentasjoner.

Takk til alle arrangørene, og BOLDs support team i Canada som var til stor hjelp. Takk går naturligvis også til alle studenter og lærere for en flott og lærerik uke!

Happy barcoders med #mydnabarcode skjerf. Foto: Laura Russell CC-BY-SA 4.0.