NorBOL arrangerte workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar ved Naturhistorisk museum i Oslo. Elleve deltakere fra Norge, Sverige, Island og Danmark lærte seg prosedyrer for innsending av materiale til strekkoding gjennom NorBOL, og bidro med arter av veps, ferskvannsinsekter, edderkopper, fåbørstemark, fisk, sopp og lav til BOLD databasen.

Et svært vellykket arrangement der mange prøver allerede er på vei til vår samarbeidspartner i Canada for sekvensering.

Gunnhild Marthinsen, NHM

Mari Darrud, Veterinærinstituttet klargjør prøver for DNA-strekkoding. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

Vi gratulerer Prof. Henrik Glenner ved Institutt for biologi, Universitetet i Bergen som vinner av NorBOLs fotokonkurranse! Bildet vil pryde forsiden på norbol.org og krus og skjerf er på vei i posten.

Koloni av Semibalanus balanoides med nylig bunnslåtte larver og DNA strekkode. Foto: Henrik Glenner CC-BY.

Et vakkert (og noen mener skummelt) bilde har preget forsiden til norbol.org i en god stund, og det er på tide med en utskiftning. NorBOL inviterer derfor til fotokonkurranse der vinneren får bildet sitt på forsiden av norbol.org, #mydnabarcode buff og #mydnabarcode krus. Send ditt beste forslag til Torbjørn innen 15. februar for å bli med i trekningen. Bildet eller illustrasjonen må være i landskapformat og vinneren kåres på styringsmøtet i NorBOL 2. mars. Lykke til!

NorBOL og Tromsø Museum – Universitetsmuseet ønsker velkommen til workshop i DNA-strekkoding 8-10 februar 2016. Målet med denne workshopen er å gi deltagerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD).

Workshopen vil foregå i Tromsø Museums lokaler i Telegrafbukta 8-10 februar 2016. Vi starter med en kort innføring i bruk av strekkoding innen forskning og forvaltning, mens det meste av workshopen vil bli viet til praktisk arbeid med eget materiale. Det forventes dermed at deltagerne tar med seg eget materiale av den organismegruppen de skal arbeide med samt tilhørende data for opplasting i BOLD. Dyr, planter og sopp fra Norge er aktuelt, spesielt materiale fra kartleggingsprosjekter finansiert av Artsprosjektet. Deltagere som nettopp har startet egne prosjekter og ikke har eget materiale, kan jobbe med materiale fra våre samlinger.

I løpet av workshopen skal deltagerne arbeide med alle trinn i prosessen for klargjøring av en DNA-prøveplate. Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt individ samt prøvetaking og innsending av plater og data til BOLD. Vi vil gå gjennom følgende trinn:

• Oppbygging av Barcode of Life Data Systems (BOLD) og hvordan starte et nytt prosjekt.
• Vevsprøvetaking og fylling av plater.
• Billedtaking og opplasting av bilder til BOLD.
• Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
• Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.

Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte samt overnatting (Sydspissen hotell) for en person per pågående prosjekt.

Workshopen har en begrensing på 10 personer og påmelding gjøres til Marie Føreid Merkel per epost (marie.k.foreid_at_uit.no) innen 20 januar.

Påmeldingen må inneholde:

• Navn, adresse og kontaktinformasjon.
• Om du har behov for overnatting.
• En kort beskrivelse av hvilken organismegrupper du arbeider med inkludert følgende informasjon:
  • Hvor mange individer du tenker å bearbeide under workshopen. En DNA-prøveplate har plass til 95 prøver, men på grunn av den videre analysen er det begrenset hvilke organismegrupper som kan dele samme plate. Vi trenger dermed å vite hvilke organismegrupper det planlegges å jobbe med, samt antallet individer.
  • Omtrentlig størrelse på organismene så vi kan vurdere hva slags fotoutstyr du trenger for å kunne dokumentere dine referanseindivid («vouchers»).
• Informer oss gjerne om eventuelle tidligere erfaringer med sekvensering / strekkoding.

Vi håper at mange har mulighet til å delta.

Torsdag 3. desember var det i tradisjonens tro igjen duket for Tromsø museums årlige Desembernatt.

Dette er et arrangement hvor alle ansatte får muligheten til å være med å lage aktiviteter og vise fram kunnskap til publikum. I fjor var DNA-strekkoding og NorBOL representert ved aktiviteten «mysterie juicen» hvor nytten av DNA strekkoding og et referanse bibliotek ble formidlet. I år var det selve arbeidet med oppbyggingen av referansebiblioteket som ble forsøkt formidlet ved å holde de botaniske samlinger åpne for publikum og vise hvordan disse blir strekkodet.

Insekter under lupen. Foto Adnan Icagic CC-BY.

Oppe i utstillingene holdt førsteamanuensis Jostein Kjærandsen og Amandine Deschamps en aktivitet der barna fikk plukke ut og studere forskjellige insekter i lupe. Hva DNA-strekkoding er og hvordan det fungerer ble formidlet til foreldre og andre interesserte. Nede på botanisk i Telegrafbukta var det åpne magasiner og noen interesserte trosset været og kom ned for å ta en titt. Der ble det gitt en grundig omvisning i samlingene, prosessen fra sopp/lav/pante i naturen til ferdig innordnet i samlingene ble beskrevet og vist med eksempler. Viktigheten av slike samlinger ble formidlet og NorBOL ble trukket fram som et eksempel på arbeid som er tilknyttet museumssamlingene.

Marie K. Føreid Merkel, barcode manager Tromsø Museum

Geir Mathisen viser publikum mikrosopp fra herbariet. Foto Mari Karlstad CC-BY.

Hver søndag er det barnearrangement på Tromsø museum og søndag 10 mai var det DNA-strekkoding og fuglekrasj som sto på programmet. Selv om været var flott var det noen som tok turen innom museet og var med og lekte detektiv.

Historien bak er at en fugl har krasjet med et fly og alt som er igjen av fuglen er en fjær. Hvilken fugleart er det som har krasjet med flyet? Ut fra den fjæra som er igjen har vi funnet en DNA strekkode på 8 bokstaver, men vi vet ikke hvilken fugleart det er. Barna fikk i oppdrag å gå rundt i utstillingene for å finne ut hvilken fugl som hadde samme genetiske kode.

Da rett fugleart ble funnet fikk de bygge den genetiske koden med seigmenn, og det går akkurat 8 seigmenn på en cocktail pinne (nam).

Marie Kristine Føreid, Tromsø museum

Forrige uke har vi ved Evertebratsamlingen gjennomført årets workshop for nye bidragsytere til NorBOL. Målet med workshopen var å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom BOLD databasen (Barcode of Life Data Systems).

Vi var ca. 15 deltagere, medregnet noen «satellitter» som ikke hadde anledning til å delta fulltid alle dagene. Deltagerne kom i fra BIOFORSK, Havforskningsinstituttet, Helgeland museum, Universitetet i Nordland, UiT Universitetsmuseet, Norsk Institutt for Vannforskning, og Universitetsmuseet i Bergen.

Vi begynte med et par introduksjonforedrag før vi gikk løs på den praktiske biten. Det ble arbeidet med svært ulike organismegrupper; pseudosopp, tanglus og tanglopper, sommerfugler, hoppekreps, børstemark, tifotkreps, marine fisk og soppmygg.

Pseudosopp. Foto: M. Skogen.

De ulike organismegruppene krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet. For eksempel er mange dyr så små at de nærmest må behandles med «kriminaltekniske søk etter DNA-spor». For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte vi derfor forsøksvis å gjøre ekstraksjoner på «hjemmelaben». Håpet var å øke mulighetene for å berge restene av eksoskjelettet som blir igjen når de bløte delene løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning. Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskopiske preparater.

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang. Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen – så vi er godt fornøyde med innsatsen!

Krabbe til strekkoding.

Fotografering av soppmygg.

There is an open PhD-position in metabarcoding at the Tromsø University Museum. The PhD position will be connected to two ongoing projects. 1) The Norwegian Barcode of Life (NorBOL): Development of DNA barcodes for vascular plants through low coverage shotgun sequencing of genomic DNA and assemblage of whole plastid DNA genomes, nuclear rDNA and large parts of mitochondrial genome. 2) The After Ice DNA Metabarcoding project (see http://en.uit.no/ansatte/inger.g.alsos) explores the occurrence of boreal species at northern latitudes by ancient DNA analyses using the P6 loop of the plastid DNA trnL (UUA) intron. Lake sediments have been collected at key sites for palaeoenvironmental reconstructions in Norway and Svalbard.

The PhD candidate will bridge these projects by developing laboratory and bioinformatic tools to apply shotgun sequencing on the ancient samples. This will provide valuable data which the candidate will use to explore effects of past climate change on e.g. species turnover, dispersal, extinction, and phylogenetic diversity. In both projects, we collaborate with colleges at the University Joseph Fourier in Grenoble, who run similar projects focused on the Alps, and the candidate is expected to spend a 3-6 month research stay there.

See: http://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/110289/phd-candidate-in-metabarcoding-at-tromsoe-university-museum

NTNU Vitenskapsmuseet søker en godt kvalifisert og motivert postdoktor for et prosjekt på miljøstrekkoding av makroinvertebrater i ferskvann. Stillingen er for tre år, fortrinnsvis med oppstart 1. juni, 2015. Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet og har samarbeidspartnerer i Canada, Tyskland og Norge.

Se Jobbnorge for ytterligere detaljer: http://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/109370

Under tittelen «Naturens strekkoder» ble DNA-strekkoding vist frem på årets Desembernatt ved Tromsø Museum – Universitetsmuseet.

Den 4. desember ble Desembernatt arrangert for tiende år på rad. Arrangementet fant sted første torsdag i desember og hadde aktiviteter for store og små i utstillingene, foredrag med mer. I år var det rekord med 745 besøkende i løpet av kvelden!

Barcode manager Marie Kristine Føreid sammen med Per Sjögren, Heini Rämä og Inger Kristin Tronstad stod i spissen for en aktivitet som viste hva DNA-strekkoding er samt hvordan man kan bruke DNA-strekkoding i forskningen. I oppgaven «Mysteriejuicen» skulle gjestene smake på en juiceblanding bestående av 2-4 forskjellige sorter for å se om de kunne smake seg fram til hvilke dette var og kontrollere om de hadde rett ved bruk av spesifikke strekkoder.

Gjett hvilken juice det er? Foto: Mari Karlstad.

I tillegg til mysteriejuicen ble det satt opp en mini-utstilling for å vise hvordan vi faktisk arbeider for å få tak i en DNA-strekkode fra en blomstrende plante. Og mange var interessert i prosessen der man går fra å ha et blad til å ha DNA i et lite rør. Dette ble illustrert ved hjelp av eksempler fra et klassisk elevforsøk med ekstraksjon av DNA fra spinat.

Mange nysgjerrige tok turen innom verkstedet vårt og det var en koselig og givende kveld.

Ekstraksjon av DNA. Foto: Per Sjögren.